Дифференциальная диагностика. Быстрое улучшение состояния больного под воздействием антибактериального лечения и типичная клиническая картина позволяют легко установить диагноз острого цистита. В тех случаях когда воспалительный процесс в мочевом пузыре плохо поддается лечению и заболевание принимает затяжной, хронический характер, всегда необходимо выяснить причину этого или дифференцировать хронический цистит от других заболеваний: туберкулеза, простой язвы, шистосомоза, рака мочевого пузыря, рака предстательной железы. Факторами, предрасполагающими к развитию хронического воспаления мочевого пузыря, могут быть: аденома предстательной железы, камни в мочевом пузыре, дивертикул мочевого пузыря, его нейрогенная дисфункция, стриктура уретры и др.
Туберкулез мочевого пузыря может быть распознан по характерной цистоскопической картине (туберкулезные бугорки, язвы, рубцы), обнаружению туберкулезных микобактерий в моче при ее стойко кислой реакции и характерным рентгенологическим изменениям в почках и мочевых путях. При цистоскопии опухоль мочевого пузыря не всегда удается дифференцировать от воспалительного процесса. Важную роль в дифференцировании хронического цистита (особенно гранулематозного) и опухоли мочевого пузыря играет эндовезикальная биопсия. Воспаление мочевого пузыря, развившееся вследствие нахождения в нем камня, сопровождается усилением болей и дизурии при движении и уменьшением их в покое. При аденоме предстательной железы (парауретральных желез) улучшение мочеиспускания больше выражено в ночное время. Хронический цистит при нейрогенной дисфункции мочевого пузыря или выраженной инфравезикальной обструкции сопровождается наличием остаточной мочи, что легко определить с помощью катетеризации или ультразвукового сканирования мочевого пузыря до и после мочеиспускания.