Из-за сходства клинических проявлений воспалительных процессов в мочеполовой системе различной этиологии, а также частоты смешанных инфекций той же локализации в первую очередь необходимо исключить гонорею, трихомоноз, микоплазмоз. Лабораторные исследования являются важнейшим компонентом комплексного обследования больных. С их помощью устанавливают этиологический диагноз, определяют тактику лечения и оценивают эффективность этиотропной терапии, осуществляют эпидемиологический надзор.
В настоящее время для лабораторной диагностики мочеполового хламидиоза осуществляют индикацию (определение) хламидий непосредственно в пораженных клетках, выделение возбудителя и обнаружение хламидийных антител.